骨壺に水が溜まっている、ことはけっこうあります。
そして、その理由もいくつかありそうです。
まず最初に
「墓地の水はけが悪いから」という理由。
（これは以前に書きました記事を参照ください→→「水はけの悪いお墓」）
水はけが悪いので、お墓自体を改修するしかありません。
次に考えらるのは、
「カロート（納骨スペースのこと）内の水分が骨壺内に溜まる」ということ。
これなどは、そんなに急に溜まることは考えにくいので、
ある程度、時間を空けて骨壺を確認すれば、徐々に溜まっていくのは
確認できると思います。
こちらも対処法としては、カロート（納骨スペース）の換気、湿気が溜まらないようにする、
などが考えられますが、具体的には換気口を設置する、という方法。
他には、あまり考えづらいのですが、
外気の雨等がしみ込んで、骨壺に侵入するということ。
これが原因なら、骨壺の位置を変更すれば、溜まりにくくなる可能性がありますね。
これは簡単に回避できそうですが、逆にこのようなお墓は
構造的に危ないので、早急に改修する必要がありそうです。
以上を踏まえて、
お墓の改修が必要、というのがいずれの場合も回答となりますが、
すぐに必要かどうかは十分検討されるべきだと思います。
なお、いずれの場合も、骨壺の交換で対応できるのではないでしょうか。
（素焼きの骨壺を利用されたら、多少、対処できるのではないかと思います）
最後に、水が溜まるのみならず、泥の様なものまで溜まり、お骨が汚れている状態なら、
間違いなく、水が大量に侵入しているので、早急な対処が必要です。
